中國便利店的經營效率還有待進一步提升。由中國連鎖經營協會和野村綜研(上海)咨詢有限公司共同發布的《中國便利店發展報告(2012-2013)》顯示，盡管便利店的銷售增長遠超百貨和超市等大型業態，但受成本上漲、行業人才欠缺等影響，中國便利店還存在單店銷售低、加盟店與直營店差距過大等問題。
　　報告稱，從經營的角度看，門店數量越多，更能發揮規模效應的優勢。但中國便利店情況正好相反，企業盈利能力并未得到提升，高門店規模企業的絕大部分經營指標都要比低門店規模的企業差。擁有1000家以上門店企業的單店平均年銷售額為168萬元，利潤率僅0.3％；規模最小、只有300家以下門店的便利店品牌單店平均年銷售額卻能達到最高的269萬元，利潤率2％。“日本7-11靠密集開店降低了物流成本和營銷成本。但中國便利店的精細化程度不足，物流和供應鏈系統不完善，這種情況下攤子鋪得越大，各種成本就會越高。”一位便利店從業人士透露。

　　另一方面，以直營模式為主的便利店企業在單店銷售額、利潤率、來店人數方面要優于以加盟模式為主的企業。數據顯示，雖然直營模式和加盟模式的毛利率差距不大，但利潤率卻分別為2％和0.6％，相差兩倍多。

　　中國連鎖經營協會方面認為，雖然直營模式企業的店鋪面積較大，有創造高收入的條件。但直營店與加盟店核心的差異是，直營店的管理要易于加盟店。企業總部的理念與指令可以更準確地傳達到門店，門店地執行力更強。

　　在中國連鎖經營協會方面看來，要提高經營效率，需要從門店的差異化上下功夫。與國外便利店同行相比，我國的便利店對于所在商圈的消費者特征的掌握還不太到位，難以形成差異化。最明顯的表現是，各家店鋪對商品銷售情況的跟蹤和分析還存在滯后性，很難做到細分到年齡層的分析。而在日本，同一品牌的多業態化趨勢比較明顯，比如羅森旗下就有Natural Lawson、Lawson Store100等面向不同年齡段的顧客，另外還有“Lawson 藥妝”這種兼營藥妝店的形式。

　　除了企業自身的改革創新之外，中國便利店也期望國家政策方面的支持，比如統一納稅、簡化手續、放寬經營品類等。